Diselenggarakannya upacara tersebut secara tidak langsung berfungsi sebagai media berkumpulnya anak keturunan Ki Ageng Wonolelo yang tersebar di berbagai tempat, yang kemudian tergabung dalam perkumpulan Trah Ki Ageng Wonolelo. Selain itu pelaksanaan upacara menjadi media kerukunan dan gotong royong warga masyarakat setempat tanpa memandang golongan. Upacara tersebut juga berfungsi memberikan peluang bagi berkembangnya kesenian yang ada di daerah setempat. Fungsi yang lain dapat memberikan peluang ekonomi yang lebih terbuka kepada penduduk setempat.
Waktu yang dipilih untuk pelaksanaan upacara biasanya berorientasi pada tokoh leluhur yang dimitoskan, apakah diambil dari hari kelahirannya, wafatnya atau peristiwa yang dialami oleh sang tokoh, kejadian-kejadian tertentu yang terkait dengan tokoh tersebut. Upacara Saparan Wonolelo diselenggarakan setiap setahun sekali pada bulan Sapar (bulan Jawa), hari Kamis Pahing malam Jumat Pon sebelum puranma atau hari Kamis minggu pertama bulan Sapar. Penentuan waktu penyelenggaraan upacara tersebut atas dasar wisik (olham) yang diterima oleh Lurah Purwowidodo (anggota trah Wonolelo) ketika sedang bersemedi.
Penyelenggaraan Upacara Saparan Wonolelo sejak dulu sampai sekarang dilaksanakan pada bulan dan hari yang sama. Tetapi saat dimulainya pelaksanaan upacara (jam) berubah-ubah. Perubahan waktu (jam dimulainya) antara lain dipengaruhi oleh materi upacara yang akan ditampilkan. Sejak 1997 upacara dimulai pukul 21.30, karena di samping rombongan arak-arakan upacara bertambah panjang juga jalan-jalan yang ditempuh agak melingkar.
Puncak upacaranya di Pondok Wonolelo dan di kompleks makam Ki Ageng Wonolelo. Tempat lain yang digunakan untuk persiapan upacara adalah di halaman kantor kecamatan lama, tempat berkumpulnya rombongan prosesi arak-arakan.
Biasanya penyelenggaraan upacara tidak hanya dilakukan oleh Trah Ki Ageng wonolelo saja tetapi melibatkan semua aparat desa, kecamatan dan pihak-pihak instansiterkait lainnya. Jadi ada panitia khusus yang mengatur jalannya upacara. Panitia trah Ki Ageng Wonolelo yang bertanggung jawab terhadap jalannya upacara di Pondok Wonolelo dan kompleks makam. Panitia gabungan dan aparat setempat bertanggungjawab terhadap diselenggarakannya pasar malam sampai prosesi upacara (arak-arakan) dari kecamatan lama sampai ke Pondok Wonolelo. Pelaksanaan upacara tersebut didukung oleh masyarakat setempat dan juga mereka dari luar desa yang datang ikut memeriahkan dan untuk berziarah.
Karena pelaksanaan upacara ditangani oleh panitia trah dan non trah, maka dilakukan persiapan-persiapan upacara di Pondok Wonolelo maupun prosesi arak-arakannya. Tahap-tahap pelaksanaan upacara tersebut antara lain pembuatan gunungan apem. (a) Persipan yang lain tahlilan yang diikuti oleh kelompok-kelompok utusan yang ada di Pondok Wonolelo; (b) Mengarak pusaka Ki Ageng Wonolelo ke Pondok Wonolelo; (c) Penyerahan pusaka di makam Ki Ageng Wonolelo; (d) Tahlil dan pembacaan riwayat Ki Ageng Wonolelo; (e) Tabur bunga atau nyebar oleh Trah Ki Ageng Wonolelo dan diikuti para peziarah; (f) Penyebaran Apem; (g) Wungon (tidak tidur semalam suntuk).
Untuk keperluan pembuatan gunungan apem yang berjumlah 7 buah (5 buah gunungan dari dusun, 1 buah gunungan lebih besar dari Trah Ki Ageng Wonolelo, 1 buah gunungan dari kecamatan), setiap perangkat dusun (kades) membuat gunungan dan dari kelompok-kelompok menyerahkan 25 apem.
Untuk prosesi arak-arakan pusaka, panitia Trah Wonolelo mengumpulkan pusaka-pusaka peninggalan Ki Ageng Wonolelo yang diwarsikan kepada anak cucu. Pusaka-pusaka tersebut adalah : (1) Kotang Ontrokusuma yang disebut Gondhil; (2) Bandhil berupa senjata yang digunakan pada waktu babad alas (membersihkan hutan), menurut cerita pusaka bandhil tersebut sekarang sudah musnah (hilang); (3) Kitab Suci Al Qur’an yang ditulis tangan oleh Ki ageng wonolelo sendiri; (4) Sempalan Mustaka Masjid yang dulu didirikan oleh Ki Ageng Wonolelo; (5) Kopyah yang dikenakan Ki Ageng Wonolelo pada waktu mendapat tugas Sultan Agung untuk menaklukan kerajaan Palembang. Kopuah sakti ini bila dimiringkan membuat prajurit Palembang lari pontang-panting; (6) Teken dikenakan pada waktu menyebarkan agama Islam di Pondok Wonolelo.
Menurut cerita baju gondhil (disebut Kyai Gondhil) dibuat dari daun japlak yang disusun sedemikian rupa dan dibuat pakaian menyerupai ontrokusuma. Sedangkan bandhil dibuat dari serat pohon japlak yang kemudian dipakai untuk ikat pinggang dan dianggap sebagai pusaka. Topi atau kopyah dibuat dari bunga pohon japlak. Pusaka bandhil digunakan untuk babad alas dengan jalan diputar-putar terus menerus, sehingga pohon-pohon dan bebatuan bertumbangan dan hutan menjadi datar. Di tempat tersebut kemudian tumbuh pohon lengki. Di Pondok wonolelo sampai sekarang masih ada pohon lengki yang terletak di belakang Pondok Wonolelo. Di tempat tersebut ki Ageng wonolelo membuat kolam untuk wudlu, membuat masjid, dan rumah tempat tinggal. Sekarang bekas rempat wudlu masih ada berupa tanah cekung yang tidak ada airnya. Demikian juga masjid sudah tidak ada, yang masih tersisa hanyalah sepotong kayu bekas andhek masjid dan rumah tempat tinggal Ki Ageng Wonolelo.
Dari berbagai pusaka peninggalan Ki Ageng Wonolelo yang masih ada dan diarak pada waktu prosesi upacara adalah Kitab Suci Al Qur’an, baju gondhil, kopyah, dan sempalan mustaka masjid atau cupu. Kelengkapan upacara lainnya yang disiapkan adalah alat usungan dari kayu untuk mengangkut gunungan apem, dan joli tempat pusaka.
Perlengkapan upacara lainnya yang cukup penting disiapkan adalah sesaji. Sesaji ini terdiri dari nasi tumpeng, ketan kolak, apem, ingkung ayam, dua gelas minum the, pisang raja, bunga, dan kemenyan. Sesajian itu dipersiapkan untuk tahlilan. Sesajian yang berupa pisang raja bermakna harapan agar masyarakat setempat dan khususnya anak keturunan Ki Ageng Wonolelo memperoleh perlindungan, rahmat,dan berkah-Nya.
Apem melambangkan perlindungan atau pengayoman leluhur kepada anak cucu keturunannya supaya terhindar dari segala macam mara bahaya maupun gangguan gaib, tumpeng robyong menggambarkan manunggaling kawula gusti yang menciptakan manusia, alam dan seisinya. Tumpeng tersebut juga mengingatkan hendaknya manusia selalu ingat kepada Gusti yang menciptakannya dan memberikan kehidupan. Bunga-bungaan yang disertakan dalam sesaji meupakan symbol keharuman Ki Ageng Wonolelo yang dalam perjuangannya selalu ditujukan untuk kepentingan manusia, berbuat baik sesuai tuntunan agama yang dianutnya. Budi luhur ini diharapkan menurun pada anak keturunannya.
Khusus apem selain sebagai rangkaian sesaji dalam tahlil juga apem yang dalam bentuk gunungan akan dibagikan dengan disebarkan. Untuk dipersiapkan pula panggung untuk menyebarkan apem ke para peziarah. Unsur apem menjadi unsure yang penting dan merupakan khas dalam upacara saparan di Jatinom dan Wonolelo. Menurut cerita apem tersebut dipercayai mengandung daya magis untuk kesuburan tanah, keselamatan, kesehatan dan untuk keperluan lain yang dipercayai peziarah. Cerita yang berkaitan dengan apem tersebut ada hubungannya dengan apeman Jokowiyu Jatinom Klaten.
Pada hari saat upacara inti dimulai kelompok-kelompok warga sebagai perwakilan masing-masing kelompok menyerahkan gunungan apem dan sesajian untuk keperluan tahlil kepada panitia yang dipusatkan di kecamatan lama. Komponen-komponen lainnya sebagai kelengkapan upacara yaitu para pengiring (putri domas) dan para prajurit pengiring pusaka, serta pengiring lainnya bersiap di halaman kecamatan. Setelah semua siap prosesi arak-arakan pusaka mulai berangkat menuju Pondok Wonolelo.
Iring-iringan pengarakan pusaka tersebut paling depan adalah barisan para putri yang berpakaian seragam busana Jawa diikuti barisan putri domas.
Iring-iringan ini diiringi barisan drumband (dari sekolah setempat) dan brigade pasukan berkuda. Di belakang putri domas adalah barisan prajurit lengkap dengan senjata tombak pakaian Jawa Yogya diiringi musik (seperti prajurit kraton). Di belakangnya iring-iringan tandu yang membawa pusaka-pusaka Ki Ageng Wonolelo, para aparat setempat yang semuanya mengenakan busana Jawa dan terakhir para peziarah.
Arak-arakan dari halaman kecamatan ke Masjid agung menyusuri Dusun Pondok Wonolelo ke selatan memasuki makam Ki Ageng Wonolelo. Di sepanjang jalan banyak warga masyarakat yang berdiri berdesakan menyaksikan arak-arakan tersebut.
Memasuki makam Ki Ageng Wonolelo tandu-tandu yang berisi pusaka Ki Ageng Wonolelo masuk ke makam dan pusaka-pusaka tersebut disemayamkan di dekat makam. Sebelumnya sudah ada serah terima pusaka tesebut dari pimpinan rombongan kepada juru kunci makam.
Setelah pusaka-pusaka tersebut disemayamkan di dekat maka Ki Ageng Wonolelo dilakukan tahlil. Acara sebelum tahlil dilakukan pembacaan riwayat singkat Ki Ageng wonolelo oleh salah seorang keturunan Ki Ageng Wonolelo. Selesai tahlil dilanjutkan nyekar atau tabor bunga di makam Ki Ageng Wonolelo dan Nyi Ageng Wonolelo. Acara berikutnya adalah penyebaran apem kepada para peziarah maupun penonton lainnya yang ada di arena itu. Acara selanjutnya wungon atau lek-lekan sampai pagi yang diikuti oleh anak keturunan Ki Ageng Wonolelo dan para peziarah.
Upacara inti yaitu tahlil di makam Ki Ageng Wonolelo biasanya sudah malam sekitar pukul 21.30 WIB dan karenanya upacara penyebaran apem dimulai pukul 22.00 WIB (sesudah tahlil). Penyebaran apem dilakukan oleh panitia Trah Ki Ageng Wonolelo dan panitia pelaksana. Dengan disebarkannya apem tersebut mengakhiri upacara Saparan Wonolelo.
